《Journal Of Molecular Modeling》在生化與分子生物學領域具有較高的權威性。
以下是其權威性的具體體現：
（1）JCR分區與影響因子：
JCR分區：該期刊在JCR分區中位于Q3，表明其在生化與分子生物學領域具有較高的學術影響力。
JCR分區（當前數據版本：2023-2024年最新版）
| 按JIF指標學科分區 | 收錄子集 | 分區 | 排名 | 百分位 |
| 學科：BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY | SCIE | Q4 | 243 / 313 |
22.5% |
| 學科：BIOPHYSICS | SCIE | Q3 | 52 / 77 |
33.1% |
| 學科：CHEMISTRY, MULTIDISCIPLINARY | SCIE | Q3 | 129 / 230 |
44.1% |
| 學科：COMPUTER SCIENCE, INTERDISCIPLINARY APPLICATIONS | SCIE | Q3 | 101 / 169 |
40.5% |
| 按JCI指標學科分區 | 收錄子集 | 分區 | 排名 | 百分位 |
| 學科：BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY | SCIE | Q4 | 246 / 313 |
21.57% |
| 學科：BIOPHYSICS | SCIE | Q3 | 55 / 77 |
29.22% |
| 學科：CHEMISTRY, MULTIDISCIPLINARY | SCIE | Q2 | 115 / 231 |
50.43% |
| 學科：COMPUTER SCIENCE, INTERDISCIPLINARY APPLICATIONS | SCIE | Q3 | 116 / 169 |
31.66% |
名詞釋義：JCR（Journal Citation Reports）由科睿唯安公司（前身為湯森路透）開發，JCR分區將期刊分為176個學科。該排名根據當年不同學科的影響因子，分為Q1、Q2、Q3、Q4四個區域。 Q1代表不同學科進行分類可以影響細胞因子前25％的期刊，以此作為類推，Q2是前25％-50％的期刊，Q3是前50％-75％的期刊，Q4是后期75％的期刊。
影響因子：2.1。
IF值(影響因子)趨勢圖
（2）CiteScore： 3.5。
Cite Score 排名
| CiteScore | SJR | SNIP | 學科類別 | 分區 | 排名 | 百分位 |
| 3.5 | 0.332 | 0.543 | 大類：Computer Science 小類：Computational Theory and Mathematics | Q2 | 75 / 176 |
57% |
| 大類：Computer Science 小類：Computer Science Applications | Q3 | 436 / 817 |
46% |
|||
| 大類：Computer Science 小類：Inorganic Chemistry | Q3 | 43 / 79 |
46% |
|||
| 大類：Computer Science 小類：Physical and Theoretical Chemistry | Q3 | 112 / 189 |
41% |
|||
| 大類：Computer Science 小類：Organic Chemistry | Q3 | 128 / 211 |
39% |
|||
| 大類：Computer Science 小類：Catalysis | Q3 | 49 / 68 |
28% |
名詞釋義：CiteScore 是在 Scopus 中衡量期刊影響力的另一個指標，其作用是測量期刊的篇均影響力。當年CiteScore 的計算依據是期刊最近4年 （含計算年度） 的被引次數除以該期刊近四年發表的文獻數，文獻類型包括：文章、評論、會議論文、書籍章節和數據論文，社論勘誤表、信件、說明和簡短調查等非同行評議的文獻類型均不包含在內。
（3）中科院分區
大類學科：化學分區為4區，小類學科：生化與分子生物學分區為4區。生物物理分區為4區。化學：綜合分區為4區。計算機：跨學科應用分區為4區。
中科院分區（當前數據版本：2023年12月升級版）
| 大類學科 | 分區 | 小類學科 | 分區 | Top期刊 | 綜述期刊 |
| 化學 | 4區 | BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY 生化與分子生物學 BIOPHYSICS 生物物理 CHEMISTRY, MULTIDISCIPLINARY 化學：綜合 COMPUTER SCIENCE, INTERDISCIPLINARY APPLICATIONS 計算機：跨學科應用 | 4區 4區 4區 4區 | 否 | 否 |
中科院分區（當前數據版本：2022年12月升級版）
| 大類學科 | 分區 | 小類學科 | 分區 | Top期刊 | 綜述期刊 |
| 化學 | 4區 | BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY 生化與分子生物學 BIOPHYSICS 生物物理 CHEMISTRY, MULTIDISCIPLINARY 化學：綜合 COMPUTER SCIENCE, INTERDISCIPLINARY APPLICATIONS 計算機：跨學科應用 | 4區 4區 4區 4區 | 否 | 否 |
中科院分區（當前數據版本：2021年12月舊的升級版）
| 大類學科 | 分區 | 小類學科 | 分區 | Top期刊 | 綜述期刊 |
| 化學 | 4區 | BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY 生化與分子生物學 BIOPHYSICS 生物物理 CHEMISTRY, MULTIDISCIPLINARY 化學綜合 COMPUTER SCIENCE, INTERDISCIPLINARY APPLICATIONS 計算機：跨學科應用 | 4區 4區 4區 4區 | 否 | 否 |
中科院分區（當前數據版本：2021年12月基礎版）
| 大類學科 | 分區 | 小類學科 | 分區 | Top期刊 | 綜述期刊 |
| 化學 | 4區 | BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY 生化與分子生物學 BIOPHYSICS 生物物理 CHEMISTRY, MULTIDISCIPLINARY 化學綜合 COMPUTER SCIENCE, INTERDISCIPLINARY APPLICATIONS 計算機：跨學科應用 | 4區 4區 4區 4區 | 否 | 否 |
中科院分區（當前數據版本：2021年12月升級版）
| 大類學科 | 分區 | 小類學科 | 分區 | Top期刊 | 綜述期刊 |
| 化學 | 4區 | BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY 生化與分子生物學 BIOPHYSICS 生物物理 CHEMISTRY, MULTIDISCIPLINARY 化學綜合 COMPUTER SCIENCE, INTERDISCIPLINARY APPLICATIONS 計算機：跨學科應用 | 4區 4區 4區 4區 | 否 | 否 |
中科院分區（當前數據版本：2020年12月舊的升級版）
| 大類學科 | 分區 | 小類學科 | 分區 | Top期刊 | 綜述期刊 |
| 化學 | 4區 | BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY 生化與分子生物學 BIOPHYSICS 生物物理 CHEMISTRY, MULTIDISCIPLINARY 化學綜合 COMPUTER SCIENCE, INTERDISCIPLINARY APPLICATIONS 計算機：跨學科應用 | 4區 4區 4區 4區 | 否 | 否 |
名詞釋義：中科院分區是中國科學院國家科學圖書館制定，中科院分區目前分為基礎版和升級版（試行），基礎版先將JCR中所有期刊分為13大類學科，每個學科分類按照期刊的3年平均影響因子高低，分為4四個區；升級版將期刊分為18個大類學科，涵蓋數學、物理與天體物理、化學、材料科學、地球科學等大類學科；升級版設計了“期刊超越指數”取代影響因子指標。期刊超越指數即本刊論文的被引頻次高于相同主題、相同文獻類型的其它期刊的概率。
影響因子:19.1
影響因子:4.2
影響因子:1.4
